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利用电子束代替光束来照射物体并使其像放大的显微镜。电子束通过作为电子折射媒质的静电透镜或磁透镜进行聚焦。利用足够高的加速电压，能够产生出波长比普通光短数千倍的电子波，放大倍数达10万倍以上。用于研究病毒、蛋白分子和金属表面。透视式电子显微镜产生平面图象，分辨度很高。扫描式电子显微镜用电子束在试样上逐点扫描，产生立体图象，但分辨度不及透视式。
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